DNA โบราณที่สกัดจากกระดูกมนุษย์ได้เขียนประวัติศาสตร์ญี่ปุ่นยุคแรกใหม่โดยเน้นย้ำว่าประชากรสมัยใหม่ในญี่ปุ่นมีต้นกำเนิดทางพันธุกรรมไตรภาคี ซึ่งเป็นการค้นพบที่ขัดเกลามุมมองที่ยอมรับกันก่อนหน้านี้เกี่ยวกับบรรพบุรุษสองตระกูล จีโนมญี่ปุ่นโบราณที่จัดลำดับใหม่สิบสองรายการแสดงให้เห็นว่าประชากรในยุคปัจจุบันแสดงลายเซ็นทางพันธุกรรมของนักล่า Jomon ประวัติศาสตร์ญี่ปุ่น พื้นเมืองในยุคแรก ๆ - ผู้รวบรวม - ชาวประมงและชาวนา Yayoi ผู้อพยพ แต่ยังเพิ่มองค์ประกอบทางพันธุกรรมที่สามที่เชื่อมโยงกับชนชาติ Kofun ซึ่งวัฒนธรรมแพร่กระจาย ในญี่ปุ่นระหว่างศตวรรษที่3ถึง 7 การเปลี่ยนแปลงทางวัฒนธรรมอย่างรวดเร็ว หมู่เกาะญี่ปุ่นถูกครอบครองโดยมนุษย์เป็นเวลาอย่างน้อย 38,000 ปี แต่ญี่ปุ่นผ่านการเปลี่ยนแปลงอย่างรวดเร็วในช่วง 3,000 ปีที่ผ่านมาเท่านั้น ครั้งแรกจากการหาอาหารสู่การทำนาแบบเปียก และจากนั้นไปสู่สถานะจักรพรรดิที่ก้าวหน้าทางเทคโนโลยี