สาเหตุของอาการเจ็บคอ ได้แก่  ไวรัส เช่น ไวรัสที่ทำให้เกิดหวัดหรือไข้หวัดใหญ่ แบคทีเรียกลุ่ม A strep ซึ่งเป็นสาเหตุของคออักเสบ (หรือที่เรียกว่า streptococcal pharyngitis) โรคภูมิแพ้ การสูบบุหรี่หรือการได้รับควันบุหรี่มือสอง ในจำนวนนี้ การติดเชื้อจากไวรัสเป็นสาเหตุที่พบบ่อยที่สุดของอาการเจ็บคอ อาการเจ็บคอ คออักเสบคือการติดเชื้อในลำคอและต่อมทอนซิลที่เกิดจากแบคทีเรีย แบคทีเรียเหล่านี้เรียกว่ากลุ่ม A Streptococcus (เรียกอีกอย่างว่าStreptococcus pyogenes )