การกลายพันธุ์ที่ครอบคลุมมากกว่าหนึ่งยีนเรียกว่าการกลายพันธุ์ของโครโมโซมเนื่องจากส่งผลกระทบต่อโครงสร้าง หน้าที่ และการสืบทอดของโมเลกุล DNA ทั้งหมด (มองเห็นด้วยกล้องจุลทรรศน์ในสถานะขดเป็นโครโมโซม ) บ่อยครั้งที่ การกลายพันธุ์ของ การกลายพันธุ์ โครโมโซมเหล่านี้เป็นผลมาจากการแตกตัวโดยบังเอิญอย่างน้อยหนึ่งครั้งในโมเลกุล DNA ของจีโนม (อาจมาจากการได้รับรังสีพลังงานสูง) ตามมาในบางกรณีด้วยการต่อใหม่อย่างผิดพลาด ผลลัพธ์บางอย่างเป็นการลบขนาดใหญ่ การทำซ้ำ การผกผัน และการสลับตำแหน่ง